Shotgun Metagenomik Dizileme
Mikrobiyal çeşitliliği analiz edin, türlerin işlevsel rollerini keşfedin
Hizmet Özeti
- Qiagen kitleri kullanılarak QIAsymphony* sistemi ile DNA ekstraksiyonu
- Illumina DNA Prep Kit ile kütüphane hazırlığı ve örnek indeksleme
- Hamilton NGS STAR platformu ile tam otomatik kütüphane hazırlığı
- Qubit Flex Fluorometer ve Agilent TapeStation ile kalite kontrol (QC)
- Illumina platformlarında dizileme (örnek başına ≥20 milyon çift yönlü okuma; toplam ≥40 milyon okuma)
- Tür-spesifik ve çoklu tür (karışık) örneklerin kabulü
- Analiz sonuçları yaklaşık 2 ila 3 hafta içinde teslim edilmektedir. **
- * Ekstraksiyonu yapılmamış örnekler için.
- ** İşlem süreleri garanti edilmez; proje kapsamına göre değişiklik gösterebilir.
Örnek Gereksinimleri
Kabul Edilen Örnek Türü
Önerilen Miktar
Gönderim Yöntemi
Dışkı / Gaita
≥ 200 mg
*
Tükürük
≥ 200 mg
*
Toprak / Çevresel Örnekler
≥ 500 mg
*
Yanak Sürüntüsü
Kit üreticisinin talimatlarını takip ediniz
*
Önemli notlar:
- İnsan, memeli, bitki, mikrobiyal ve viral örnekler dâhil olmak üzere geniş bir tür yelpazesiyle uyumludur.
- Diğer örnek tipleri ve gönderim koşulları için lütfen müşteri hizmetlerimizle iletişime geçiniz.
Örnek Kalitesinin Değerlendirilmesi
Örnekleriniz laboratuvarımıza ulaştığında tarafımızca kontrol edilmektedir; ancak gönderim öncesinde kullanıcıların kendi kalite kontrol (QC) adımlarını da uygulaması gerekmektedir.
- Absorbans ölçümleri (Nanodrop, spektrofotometre) yerine florometrik ölçümler (ör. Qubit, Quant-iT) kullanılması önerilir.
- DNA, EB tamponu içinde olmalıdır (EDTA veya su kullanılmamalıdır).
- Yüksek moleküler ağırlığa ve A260/280 = 1,8–2,0 ve A260/230 = 2,0–2,2 oranlarına sahip olmalıdır.
- Belirtilen eşiklerin altında kalan örnekler için, lütfen gönderim öncesinde bizimle iletişime geçiniz.
Konsantrasyon
Konsantrasyon ölçümlerinde florometrik yöntemlerin (Qubit, Quant-iT) kullanılması önerilir.
Minimum 100 ng RNA önerilmekle birlikte, protokol 1–1000 ng RNA aralığını desteklemektedir.
Düşük kaliteli RNA (RIN ≥2) veya FFPE örnekler (DV200 >55%) için 10–100 ng RNA ile optimize edilmiş iş akışları uygulanmaktadır.
Absorbans temelli ölçümler (Nanodrop, spektrofotometre) kullanılmamalıdır.
RNA Kalitesi
RNA kalitesi kapiler elektroforez tabanlı sistemler (Fragment Analyzer, Bioanalyzer, TapeStation) kullanılarak değerlendirilir ve ideal olarak RIN ≥7.0 olmalıdır. Agaroz jel elektroforezi önerilmemektedir. FFPE örnekler için DV200 değeri kapiler elektroforez ile belirlenmelidir.
Belirtilen kalite kriterlerinin altında kalan örnekler için, lütfen örnek gönderimi öncesinde bizimle iletişime geçiniz.
Örneklerin İşlenme Süreci
Örnekler Phenome Omics’e ulaştığında öncelikle bir kabul kontrolünden geçirilir ve belirlenen gereksinimleri karşılayıp karşılamadığı değerlendirilir.
Bu aşamada kriterleri karşılamayan örnekler için sizinle iletişime geçilerek olası seçenekler paylaşılır. Kriterleri karşılamayan örneklerle devam edilmesi tercih edilirse, bu durum tamamen kullanıcı sorumluluğundadır. Phenome Omics, kütüphane hazırlığı için yalnızca tek bir deneme yapmaktadır. Hazırlık sürecinin başarısız olması durumunda, kütüphane hazırlık ücreti yine tarafınızdan tahsil edilir.
Kabul kontrolünü geçen örnekler için bilgilendirme yapılır ve kütüphane hazırlık sürecine alınır.
Kütüphane Hazırlığı
Illumina DNA Prep, geniş bir DNA girdi aralığından dizilemeye hazır kütüphaneler oluşturmak için hızlı, sağlam ve esnek bir iş akışı sunar.
Avantajları:
- İnsan, çevresel ve mikrobiyal örnekler dâhil olmak üzere farklı örnek tipleriyle uyumludur
- Dizilemeye hazır ve normalize edilmiş kütüphaneler elde edilir
- GC açısından zengin bölgeler dâhil olmak üzere genom boyunca tutarlı kapsama sağlanır
- Karmaşık mikrobiyal topluluklarda düşük bolluktaki türlerin tespiti desteklenir
Kütüphane QC ve Dizileme
Kütüphane konsantrasyonu ve fragman boyutu Qubit ve Agilent TapeStation kullanılarak titizlikle değerlendirilir.
QC aşamasını geçen kütüphaneler normalize edilir, havuzlanır ve dizileme sürecine alınır.
Dizileme, Illumina platformlarında gerçekleştirilir ve örnek başına 20 milyon çift yönlü okuma (2 × 150 bp) üretilir.
Beklenen Sonuçlar
Shotgun metagenom dizileme, bakteri, arke, virüs ve mantarlar dâhil olmak üzere mikrobiyal toplulukların kapsamlı ve hedeflenmemiş profilini sunar. Derin dizileme ve optimize edilmiş kütüphane hazırlığı sayesinde, nadir türler dahi tespit edilebilir ve GC açısından zengin organizmalar sonuçlarda dengeli şekilde temsil edilir.
Hakkımızda
Araştırmalar & Yayınlar
Ödüller
Omics Kütüphanesi
Dil
Türkçe
Bize Ulaşın
Shotgun Metagenomik Dizileme
Mikrobiyal çeşitliliği analiz edin, türlerin işlevsel rollerini keşfedin
Hizmet Özeti
- Qiagen kitleri kullanılarak QIAsymphony* sistemi ile DNA ekstraksiyonu
- Illumina DNA Prep Kit ile kütüphane hazırlığı ve örnek indeksleme
- Hamilton NGS STAR platformu ile tam otomatik kütüphane hazırlığı
- Qubit Flex Fluorometer ve Agilent TapeStation ile kalite kontrol (QC)
- Illumina platformlarında dizileme (örnek başına ≥20 milyon çift yönlü okuma; toplam ≥40 milyon okuma)
- Tür-spesifik ve çoklu tür (karışık) örneklerin kabulü
- Analiz sonuçları yaklaşık 2 ila 3 hafta içinde teslim edilmektedir. **
- * Ekstraksiyonu yapılmamış örnekler için.
- ** İşlem süreleri garanti edilmez; proje kapsamına göre değişiklik gösterebilir.
Örnek Gereksinimleri
Kabul Edilen Örnek Türü
Önerilen Miktar
Gönderim Yöntemi
Dışkı / Gaita
≥ 200 mg
*
Tükürük
≥ 200 mg
*
Toprak / Çevresel Örnekler
≥ 500 mg
*
Yanak Sürüntüsü
Kit üreticisinin talimatlarını takip ediniz
*
Önemli notlar:
- İnsan, memeli, bitki, mikrobiyal ve viral örnekler dâhil olmak üzere geniş bir tür yelpazesiyle uyumludur.
- Diğer örnek tipleri ve gönderim koşulları için lütfen müşteri hizmetlerimizle iletişime geçiniz.
Örnek Kalitesinin Değerlendirilmesi
Örnekleriniz laboratuvarımıza ulaştığında tarafımızca kontrol edilmektedir; ancak gönderim öncesinde kullanıcıların kendi kalite kontrol (QC) adımlarını da uygulaması gerekmektedir.
- Absorbans ölçümleri (Nanodrop, spektrofotometre) yerine florometrik ölçümler (ör. Qubit, Quant-iT) kullanılması önerilir.
- DNA, EB tamponu içinde olmalıdır (EDTA veya su kullanılmamalıdır).
- Yüksek moleküler ağırlığa ve A260/280 = 1,8–2,0 ve A260/230 = 2,0–2,2 oranlarına sahip olmalıdır.
- Belirtilen eşiklerin altında kalan örnekler için, lütfen gönderim öncesinde bizimle iletişime geçiniz.
Konsantrasyon
Konsantrasyon ölçümlerinde florometrik yöntemlerin (Qubit, Quant-iT) kullanılması önerilir.
Minimum 100 ng RNA önerilmekle birlikte, protokol 1–1000 ng RNA aralığını desteklemektedir.
Düşük kaliteli RNA (RIN ≥2) veya FFPE örnekler (DV200 >55%) için 10–100 ng RNA ile optimize edilmiş iş akışları uygulanmaktadır.
Absorbans temelli ölçümler (Nanodrop, spektrofotometre) kullanılmamalıdır.
RNA Kalitesi
RNA kalitesi kapiler elektroforez tabanlı sistemler (Fragment Analyzer, Bioanalyzer, TapeStation) kullanılarak değerlendirilir ve ideal olarak RIN ≥7.0 olmalıdır. Agaroz jel elektroforezi önerilmemektedir. FFPE örnekler için DV200 değeri kapiler elektroforez ile belirlenmelidir.
Belirtilen kalite kriterlerinin altında kalan örnekler için, lütfen örnek gönderimi öncesinde bizimle iletişime geçiniz.
Örneklerin İşlenme Süreci
Örnekler Phenome Omics’e ulaştığında öncelikle bir kabul kontrolünden geçirilir ve belirlenen gereksinimleri karşılayıp karşılamadığı değerlendirilir.
Bu aşamada kriterleri karşılamayan örnekler için sizinle iletişime geçilerek olası seçenekler paylaşılır. Kriterleri karşılamayan örneklerle devam edilmesi tercih edilirse, bu durum tamamen kullanıcı sorumluluğundadır. Phenome Omics, kütüphane hazırlığı için yalnızca tek bir deneme yapmaktadır. Hazırlık sürecinin başarısız olması durumunda, kütüphane hazırlık ücreti yine tarafınızdan tahsil edilir.
Kabul kontrolünü geçen örnekler için bilgilendirme yapılır ve kütüphane hazırlık sürecine alınır.
Kütüphane Hazırlığı
Illumina DNA Prep, geniş bir DNA girdi aralığından dizilemeye hazır kütüphaneler oluşturmak için hızlı, sağlam ve esnek bir iş akışı sunar.
Avantajları:
- İnsan, çevresel ve mikrobiyal örnekler dâhil olmak üzere farklı örnek tipleriyle uyumludur
- Dizilemeye hazır ve normalize edilmiş kütüphaneler elde edilir
- GC açısından zengin bölgeler dâhil olmak üzere genom boyunca tutarlı kapsama sağlanır
- Karmaşık mikrobiyal topluluklarda düşük bolluktaki türlerin tespiti desteklenir
Kütüphane QC ve Dizileme
Kütüphane konsantrasyonu ve fragman boyutu Qubit ve Agilent TapeStation kullanılarak titizlikle değerlendirilir.
QC aşamasını geçen kütüphaneler normalize edilir, havuzlanır ve dizileme sürecine alınır.
Dizileme, Illumina platformlarında gerçekleştirilir ve örnek başına 20 milyon çift yönlü okuma (2 × 150 bp) üretilir.
Beklenen Sonuçlar
Shotgun metagenom dizileme, bakteri, arke, virüs ve mantarlar dâhil olmak üzere mikrobiyal toplulukların kapsamlı ve hedeflenmemiş profilini sunar. Derin dizileme ve optimize edilmiş kütüphane hazırlığı sayesinde, nadir türler dahi tespit edilebilir ve GC açısından zengin organizmalar sonuçlarda dengeli şekilde temsil edilir.
Hakkımızda
Araştırmalar & Yayınlar
Ödüller
Omics Kütüphanesi
Dil
Türkçe
Bize Ulaşın
Phenome Omics © 2026
Shotgun Metagenomik Dizileme
Mikrobiyal çeşitliliği analiz edin, türlerin işlevsel rollerini keşfedin
Hizmet Özeti
- Qiagen kitleri kullanılarak QIAsymphony* sistemi ile DNA ekstraksiyonu
- Illumina DNA Prep Kit ile kütüphane hazırlığı ve örnek indeksleme
- Hamilton NGS STAR platformu ile tam otomatik kütüphane hazırlığı
- Qubit Flex Fluorometer ve Agilent TapeStation ile kalite kontrol (QC)
- Illumina platformlarında dizileme (örnek başına ≥20 milyon çift yönlü okuma; toplam ≥40 milyon okuma)
- Tür-spesifik ve çoklu tür (karışık) örneklerin kabulü
- Analiz sonuçları yaklaşık 2 ila 3 hafta içinde teslim edilmektedir. **
- * Ekstraksiyonu yapılmamış örnekler için.
- ** İşlem süreleri garanti edilmez; proje kapsamına göre değişiklik gösterebilir.
Örnek Gereksinimleri
Kabul Edilen Örnek Türü
Önerilen Miktar
Gönderim Yöntemi
Dışkı / Gaita
≥ 200 mg
*
Tükürük
≥ 200 mg
*
Toprak / Çevresel Örnekler
≥ 500 mg
*
Yanak Sürüntüsü
Kit üreticisinin talimatlarını takip ediniz
*
Önemli notlar:
- İnsan, memeli, bitki, mikrobiyal ve viral örnekler dâhil olmak üzere geniş bir tür yelpazesiyle uyumludur.
- Diğer örnek tipleri ve gönderim koşulları için lütfen müşteri hizmetlerimizle iletişime geçiniz.
Örnek Kalitesinin Değerlendirilmesi
Örnekleriniz laboratuvarımıza ulaştığında tarafımızca kontrol edilmektedir; ancak gönderim öncesinde kullanıcıların kendi kalite kontrol (QC) adımlarını da uygulaması gerekmektedir.
- Absorbans ölçümleri (Nanodrop, spektrofotometre) yerine florometrik ölçümler (ör. Qubit, Quant-iT) kullanılması önerilir.
- DNA, EB tamponu içinde olmalıdır (EDTA veya su kullanılmamalıdır).
- Yüksek moleküler ağırlığa ve A260/280 = 1,8–2,0 ve A260/230 = 2,0–2,2 oranlarına sahip olmalıdır.
- Belirtilen eşiklerin altında kalan örnekler için, lütfen gönderim öncesinde bizimle iletişime geçiniz.
Konsantrasyon
Konsantrasyon ölçümlerinde florometrik yöntemlerin (Qubit, Quant-iT) kullanılması önerilir.
Minimum 100 ng RNA önerilmekle birlikte, protokol 1–1000 ng RNA aralığını desteklemektedir.
Düşük kaliteli RNA (RIN ≥2) veya FFPE örnekler (DV200 >55%) için 10–100 ng RNA ile optimize edilmiş iş akışları uygulanmaktadır.
Absorbans temelli ölçümler (Nanodrop, spektrofotometre) kullanılmamalıdır.
RNA Kalitesi
RNA kalitesi kapiler elektroforez tabanlı sistemler (Fragment Analyzer, Bioanalyzer, TapeStation) kullanılarak değerlendirilir ve ideal olarak RIN ≥7.0 olmalıdır. Agaroz jel elektroforezi önerilmemektedir. FFPE örnekler için DV200 değeri kapiler elektroforez ile belirlenmelidir.
Belirtilen kalite kriterlerinin altında kalan örnekler için, lütfen örnek gönderimi öncesinde bizimle iletişime geçiniz.
Örneklerin İşlenme Süreci
Örnekler Phenome Omics’e ulaştığında öncelikle bir kabul kontrolünden geçirilir ve belirlenen gereksinimleri karşılayıp karşılamadığı değerlendirilir.
Bu aşamada kriterleri karşılamayan örnekler için sizinle iletişime geçilerek olası seçenekler paylaşılır. Kriterleri karşılamayan örneklerle devam edilmesi tercih edilirse, bu durum tamamen kullanıcı sorumluluğundadır. Phenome Omics, kütüphane hazırlığı için yalnızca tek bir deneme yapmaktadır. Hazırlık sürecinin başarısız olması durumunda, kütüphane hazırlık ücreti yine tarafınızdan tahsil edilir.
Kabul kontrolünü geçen örnekler için bilgilendirme yapılır ve kütüphane hazırlık sürecine alınır.
Kütüphane Hazırlığı
Illumina DNA Prep, geniş bir DNA girdi aralığından dizilemeye hazır kütüphaneler oluşturmak için hızlı, sağlam ve esnek bir iş akışı sunar.
Avantajları:
- İnsan, çevresel ve mikrobiyal örnekler dâhil olmak üzere farklı örnek tipleriyle uyumludur
- Dizilemeye hazır ve normalize edilmiş kütüphaneler elde edilir
- GC açısından zengin bölgeler dâhil olmak üzere genom boyunca tutarlı kapsama sağlanır
- Karmaşık mikrobiyal topluluklarda düşük bolluktaki türlerin tespiti desteklenir
Kütüphane QC ve Dizileme
Kütüphane konsantrasyonu ve fragman boyutu Qubit ve Agilent TapeStation kullanılarak titizlikle değerlendirilir.
QC aşamasını geçen kütüphaneler normalize edilir, havuzlanır ve dizileme sürecine alınır.
Dizileme, Illumina platformlarında gerçekleştirilir ve örnek başına 20 milyon çift yönlü okuma (2 × 150 bp) üretilir.
Beklenen Sonuçlar
Shotgun metagenom dizileme, bakteri, arke, virüs ve mantarlar dâhil olmak üzere mikrobiyal toplulukların kapsamlı ve hedeflenmemiş profilini sunar. Derin dizileme ve optimize edilmiş kütüphane hazırlığı sayesinde, nadir türler dahi tespit edilebilir ve GC açısından zengin organizmalar sonuçlarda dengeli şekilde temsil edilir.
Hakkımızda
Araştırmalar & Yayınlar
Ödüller
Omics Kütüphanesi
Dil
Türkçe
Bize Ulaşın
Phenome Omics © 2026