• Qiagen kitleri kullanılarak QIAsymphony* platformunda DNA ekstraksiyonu
• Victor Nivo Multimode Microplate Reader ve Agilent Bioanalyzer ile kalite kontrol
• Illumina kitleri kullanılarak kütüphane hazırlığı ve örnek indeksleme
• Hamilton NGS STAR sistemi ile tam otomatik kütüphane hazırlığı
• NovaSeq 6000 platformunda dizileme (örnek başına ~8 Gb, ortalama 100x kapsama)
• Analiz sonuçları yaklaşık 4 ila 5 hafta içinde teslim edilmektedir.**

Örnekleriniz laboratuvarımıza ulaştığında kabul ve kalite kontrollerinden geçirilir. Bununla birlikte, örnek gönderimi öncesinde kullanıcılarımızın kendi kalite kontrol (QC) değerlendirmelerini yapmaları önemle tavsiye edilir.

Konsantrasyonun Kontrolü

Konsantrasyon ölçümlerinde florometrik yöntemlerin (ör. Qubit, Quant-iT) kullanılması önerilir. Absorbans temelli ölçümler (Nanodrop, spektrofotometre) kullanılmamalıdır.

Kalite ve Saflığın Kontrolü

DNA, su veya EB tamponu içerisinde olmalıdır. EDTA içermeyen veya düşük EDTA’lı tamponlar tercih edilmelidir.

• A260/280 oranı: 1.8 – 2.0

• A260/230 oranı: 2.0 – 2.2

Bu eşiklerin altında kalan örnekler için, lütfen gönderim öncesinde bizimle iletişime geçiniz.

Örnekler Phenome Omics’e ulaştığında öncelikle bir kabul kontrolünden geçirilir ve belirlenen gereksinimleri karşılayıp karşılamadığı değerlendirilir.

Bu aşamada kriterleri karşılamayan örnekler için sizinle iletişime geçilerek olası seçenekler paylaşılır.

Kriterleri karşılamayan örneklerle devam edilmesi tercih edilirse, bu durum tamamen kullanıcı sorumluluğundadır.

Phenome Omics, kütüphane hazırlığı için yalnızca tek bir deneme yapmaktadır. Hazırlık sürecinin başarısız olması durumunda, kütüphane hazırlık ücreti yine tarafınızdan tahsil edilir.

Kabul kontrolünü geçen örnekler için bilgilendirme yapılır ve kütüphane hazırlık sürecine alınır.

Phenome Omics’te, Enrichment Kit ve Illumina DNA Prep kullanılarak, hedef zenginleştirme adımını içeren tüm ekzom dizileme (WES) hizmeti sunulmaktadır.

Kütüphane hazırlama protokolü; DNA’nın parçalanması, örneğe özgü barkodlar içeren Illumina adaptörlerinin ligasyonu ve ardından hibritizasyon tabanlı hedef zenginleştirme adımlarını kapsamaktadır. Bu süreçte, ekzom bölgelerine özgü diziler içeren problar kullanılarak hedef DNA bölgeleri seçici olarak zenginleştirilir.

PCR’siz kütüphane hazırlama yöntemlerinde olduğu gibi, bu yaklaşım da yüksek kaliteli dizileme verisi elde etmek için uygundur. Ancak dizileme sonuçları, örnek özelliklerine bağlı olarak değişkenlik gösterebilir:

• Kabul kriterlerinin altında DNA miktarı veya bozulmuş DNA bulunması, kütüphane verimini olumsuz etkileyebilir.

• Düşük kütüphane konsantrasyonu durumunda, havuzlama eşitliği sağlanamayabilir ve okuma dağılımında dengesizlikler gözlemlenebilir.