• Qiagen kitleri kullanılarak QIAsymphony* ile DNA ekstraksiyonu
• Victor Nivo Multimode Microplate Reader ile kalite kontrol
• Illumina kitleri ile kütüphane hazırlığıı ve örnek indeksleme
• Hamilton NGS STAR ile tam otomatik kütüphane hazırlığı
• NovaSeq 6000 ile dizileme, 30x genom kapsaması
• Analiz sonuçları yaklaşık 2 ila 3 hafta içinde teslim edilmektedir.**

Örnekleriniz laboratuvarımıza ulaştığında kabul ve kalite kontrolleri yapılmaktadır.

Bununla birlikte, örnek gönderimi öncesinde kullanıcılarımızın kendi kalite kontrol (QC) değerlendirmelerini gerçekleştirmeleri önemle tavsiye edilir.

Konsantrasyon Kontrolü

Konsantrasyon ölçümlerinde florometrik yöntemlerin (ör. Qubit, Quant-iT) kullanılması önerilir. Absorbans temelli ölçümler (Nanodrop, spektrofotometre) tercih edilmemelidir.

Kalite ve Saflık Kontrolü

DNA örnekleri EB tamponu içerisinde olmalıdır (su veya EDTA önerilmez).

• A260/280 oranı: 1.8 – 2.0

• A260/230 oranı: 2.0 – 2.2

Bu eşiklerin altında kalan örnekler için, gönderim öncesinde lütfen bizimle iletişime geçiniz.

Örnekler Phenome Omics’e ulaştığında öncelikle bir kabul kontrolünden geçirilir ve belirlenen gereksinimleri karşılayıp karşılamadığı değerlendirilir. Bu aşamada kriterleri karşılamayan örnekler için sizinle iletişime geçilerek olası seçenekler paylaşılır.

Kriterleri karşılamayan örneklerle devam edilmesi tercih edilirse, bu durum tamamen kullanıcı sorumluluğundadır. Phenome Omics, kütüphane hazırlığı için yalnızca tek bir deneme yapmaktadır. Hazırlık sürecinin başarısız olması durumunda, kütüphane hazırlık ücreti yine tarafınızdan tahsil edilir.

Kabul kontrolünü geçen örnekler için bilgilendirme yapılır ve kütüphane hazırlık sürecine alınır.

Illumina’nın etiketleme tabanlı PCR’siz DNA kütüphane hazırlama yöntemi, yüksek kaliteli dizileme kütüphaneleri elde etmek için tercih edilmektedir.

PCR’siz kütüphaneler, PCR tabanlı yöntemlere kıyasla özellikle GC açısından zengin bölgelerde daha iyi kapsama sağlar ve okumaların genom boyunca daha dengeli dağılmasına olanak tanır.

Bu yöntem şu durumlarda önerilir:

• Uygulamanız için yaklaşık 350 bp insert boyutu uygun ise
• TruSeq PCR-free protokolü için yeterli DNA miktarınız mevcut değil ise

Kütüphane QC ve dizileme: Hazırlanan kütüphanelerin konsantrasyonu değerlendirilir ve her örneğin kalite kontrol durumu tarafınıza bildirilir.

QC aşamasını geçen kütüphaneler normalize edilir, havuzlanır ve dizileme sürecine alınır.

PCR’siz kütüphane hazırlama yöntemi, yüksek kapsama gerektiren derin dizileme projeleri için son derece uygundur.

Bu yaklaşım, PCR tabanlı yöntemlere kıyasla GC açısından zengin bölgelerde belirgin şekilde daha iyi kapsama sağlar ve genom genelinde daha dengeli okuma dağılımı sunar.